Każdy shinobi używa w walce żywiołów natury. Istnieje pięć podstawowych natur chakry:
- Katon (ogień)
- Suiton ( woda)
- Doton (ziemia)
- Raiton (błyskawica)
- Fuuton (powietrze)

Na początku gry wybieramy swój pierwszy żywioł, którego możemy uczyć się do rangi S. Drugi wybieramy na Chunninie i możemy się uczyć technik tej natury do rangi A włącznie. Trzecią naturę wybieramy na Jouninie i uczymy się jej do rangi B włącznie. Istnieje możliwość opanowania 2 pozostałych żywiołów na Jouninie. Wystarczy ranga Jounin, trening na 60 linijek i zgoda admina i możemy mieć 2 pozostałe żywioły, których możemy się uczyć do rangi B włącznie.

Natury Dodatkowe

Żywioł lodu (Hyouton)
Jest to element żywiołu powstały poprzez połączenie ze sobą żywiołu wody (suiton) oraz powietrza (fuuton). Ninja za pomocą czakry może wytworzyć w dowolnym miejscu lód i kontrolować jego kształt. Ten element można wykonać bez obecności śniegu. Przykładowe techniki tego żywiołu to: Hyouton: Tsumabe Fubuki. Osoby, które posiadają ten żywioł to Haku pochodzący z klanu Shiro.

Żywioł drewna (Mokuton)
Jest to żywioł powstały przez połączenie ziemi (doton) i wody (suiton). Ninja z tym żywiołem może za pomocą czakry wytworzyć potężne lasy i wodospady, kontrolować krajobraz wokół siebie , a także roślinność. Żywioł ten jest bardzo przydatny w walce. Przykładowe techniki tego żywiołu to: Mokuton no Jutsu. Osoby, które go posiadają to: Yamato, Pierwszy Hokage.

Te natury można zdobyć jedynie, gdy jesteśmy w odpowiednim klanie: Senju i Shiro